Holdet står over for Stockman-fluens insekthåndlangere. Raphael skal overvinde sin frygt for insekter.

Don Viziosos' bande opsporer padderne med en masse antimutantvåben.

Michelangelo bliver venner med to mærkelige nye superhelte Wingnut og Screwloose.

Padderne møder en udfordrer, de ikke kan besejre: Supershredder.

Padderne leder efter en forsvunden Splinter og indser, at de også bliver jagtet.

En bekymret Donnie tester April og opdager, at hendes psykiske evner bliver stærkere.

Raphael hygger sig med Gumle. Tokka ankommer til Jorden og leder efter Raphael.

Splinter fører padderne og de mægtige mutantbæster på jagt for at besejre sin gamle fjende.

Padderne, April og Casey infiltrerer Super Shredders hule for at stoppe ham.

Padderne tror, at alle deres gamle fjender er besejret, men en ny ondskab er på fremmarch.

Karai møder en gammel rival, mens han leder efter Kuro Kabuto.

Donatellos udestående med Don Vizioso truer paddernes mission.

Padderne må besejre Kavaxas og forhindre ham i at udslette verden.

Da Splinter først muterer, lærer han at overleve og beskytte fire mutantskildpaddeunger.