Skildpadderne angriber TCRI for at lukke en rumportal, hvilket er deres hidtil sværeste kamp.

Donatello bliver venner med Bigfoot i skoven og insisterer på, at de beskytter den imod den person, der jagter den.

Da Michelangelo bliver venner med en mutantfrø, lærer han, at dens familie planlægger at angribe mennesker.

Efter at han har været ude for en ulykke, mister Donatello langsomt sin intelligens.

April består som konoichi og står over for en ny fjende, mens skildpadderne kæmper mod gamle fjender.

En bekymret Donnie tester April og opdager, at hendes psykiske evner bliver stærkere.

Padderne tror, at alle deres gamle fjender er besejret, men en ny ondskab er på fremmarch.

Donatellos udestående med Don Vizioso truer paddernes mission.

Da Splinter først muterer, lærer han at overleve og beskytte fire mutantskildpaddeunger.

Padderne træner deres modstykker fra 80'erne til at stå over for den største trussel, de nogensinde er stødt på.

Padderne transporteres til en alternativ dimension, hvor de møder en kaninsamurai.

Usagi og padderne nærmer sig deres bestemmelsessted og skal hjælpe Kintaro med at fuldbyrde sin skæbne.