Holdet står over for Stockman-fluens insekthåndlangere. Raphael skal overvinde sin frygt for insekter

Don Viziosos' bande opsporer padderne med en masse antimutantvåben

Michelangelo bliver venner med to mærkelige nye superhelte Wingnut og Screwloose

Padderne møder en udfordrer, de ikke kan besejre: Supershredder

Padderne leder efter en forsvunden Splinter og indser, at de også bliver jagtet

En bekymret Donnie tester April og opdager, at hendes psykiske evner bliver stærkere.

Raphael hygger sig med Gumle. Tokka ankommer til Jorden og leder efter Raphael

Splinter fører padderne og de mægtige mutantbæster på jagt for at besejre sin gamle fjende

Padderne, April og Casey infiltrerer Super Shredders hule for at stoppe ham

Padderne tror, at alle deres gamle fjender er besejret, men en ny ondskab er på fremmarch.

Karai møder en gammel rival, mens han leder efter Kuro Kabuto

Donatellos udestående med Don Vizioso truer paddernes mission.

Padderne må besejre Kavaxas og forhindre ham i at udslette verden

Da Splinter først muterer, lærer han at overleve og beskytte fire mutantskildpaddeunger.