Donatello føler sig underlegen over for flugtobotten. Hans intellekt sættes på prøve, da Triceratonerne angriber.

Da han mister sin kampmojo, må Raphael overvinde sine følelser for at redde sine brødre.

Brødrene overvinder flere forhindringer for at hente det sidste generatorstykke i det sorte hul.

Da holdet endelig når Jorden, afslører flugtobotten en forfærdelig hemmelighed om sin fortid.

April består som konoichi og står over for en ny fjende, mens skildpadderne kæmper mod gamle fjender.

Da Leo i hemmelighed allierer sig med Karai, kommer han i en større fare, end han troede.

Holdet står over for Stockman-fluens insekthåndlangere. Raphael skal overvinde sin frygt for insekter.

Don Viziosos' bande opsporer padderne med en masse antimutantvåben.

Michelangelo bliver venner med to mærkelige nye superhelte Wingnut og Screwloose.

Padderne møder en udfordrer, de ikke kan besejre: Supershredder.

Padderne leder efter en forsvunden Splinter og indser, at de også bliver jagtet.

En bekymret Donnie tester April og opdager, at hendes psykiske evner bliver stærkere.

Raphael hygger sig med Gumle. Tokka ankommer til Jorden og leder efter Raphael.

Splinter fører padderne og de mægtige mutantbæster på jagt for at besejre sin gamle fjende.