Donatello føler sig underlegen over for flugtobotten. Hans intellekt sættes på prøve, da Triceratonerne angriber

Da han mister sin kampmojo, må Raphael overvinde sine følelser for at redde sine brødre

Brødrene overvinder flere forhindringer for at hente det sidste generatorstykke i det sorte hul

Da holdet endelig når Jorden, afslører flugtobotten en forfærdelig hemmelighed om sin fortid

April består som konoichi og står over for en ny fjende, mens skildpadderne kæmper mod gamle fjender

Da Leo i hemmelighed allierer sig med Karai, kommer han i en større fare, end han troede

Holdet står over for Stockman-fluens insekthåndlangere. Raphael skal overvinde sin frygt for insekter

Don Viziosos' bande opsporer padderne med en masse antimutantvåben

Michelangelo bliver venner med to mærkelige nye superhelte Wingnut og Screwloose

Padderne møder en udfordrer, de ikke kan besejre: Supershredder

Padderne leder efter en forsvunden Splinter og indser, at de også bliver jagtet

En bekymret Donnie tester April og opdager, at hendes psykiske evner bliver stærkere.

Raphael hygger sig med Gumle. Tokka ankommer til Jorden og leder efter Raphael

Splinter fører padderne og de mægtige mutantbæster på jagt for at besejre sin gamle fjende