Trusler fra de lilla drager og mouserne tvinger padderne til at opdele sig i to grupper.

Da padderne forpurrer en Kraang-invasionsplan, bliver de forfulgt af en kæmpe kakerlak.

Skildpadderne angriber TCRI for at lukke en rumportal, hvilket er deres hidtil sværeste kamp.

Donatello bliver venner med Bigfoot i skoven og insisterer på, at de beskytter den imod den person, der jagter den.

Da Michelangelo bliver venner med en mutantfrø, lærer han, at dens familie planlægger at angribe mennesker.

Efter at han har været ude for en ulykke, mister Donatello langsomt sin intelligens.

April består som konoichi og står over for en ny fjende, mens skildpadderne kæmper mod gamle fjender.

En bekymret Donnie tester April og opdager, at hendes psykiske evner bliver stærkere.