Padderne leder efter en forsvunden Splinter og indser, at de også bliver jagtet.

Sæson 1

Sæson 2

Da holdet endelig når Jorden, afslører flugtobotten en forfærdelig hemmelighed om sin fortid.

April består som konoichi og står over for en ny fjende, mens skildpadderne kæmper mod gamle fjender.

Da Leo i hemmelighed allierer sig med Karai, kommer han i en større fare, end han troede.

Holdet står over for Stockman-fluens insekthåndlangere. Raphael skal overvinde sin frygt for insekter.

Don Viziosos' bande opsporer padderne med en masse antimutantvåben.

Michelangelo bliver venner med to mærkelige nye superhelte Wingnut og Screwloose.

Padderne møder en udfordrer, de ikke kan besejre: Supershredder.

En bekymret Donnie tester April og opdager, at hendes psykiske evner bliver stærkere.

Raphael hygger sig med Gumle. Tokka ankommer til Jorden og leder efter Raphael.

Splinter fører padderne og de mægtige mutantbæster på jagt for at besejre sin gamle fjende.

Padderne, April og Casey infiltrerer Super Shredders hule for at stoppe ham.

Padderne tror, at alle deres gamle fjender er besejret, men en ny ondskab er på fremmarch.

Karai møder en gammel rival, mens han leder efter Kuro Kabuto.