Da Michelangelo bliver venner med en mutantfrø, lærer han, at dens familie planlægger at angribe mennesker.

April og Casey skal vække padderne fra væsner, der fanger dem inde i deres egne drømme

Casey og Donnies bånd på grund af biler udfordres af en mutant, der terroriserer vejene

April og Leonardo skal redde resten af holdet fra en ny mutant

Leonardo tager padderne med for at træne i et avanceret ninjaritual for at blive ægte ninjaer

Padderne vender tilbage til byen for at søge efter Splinter, men finder den overrendt af Kraang'er

Padderne Zech og Steranko søger efter Karai i en by fuld af Kraangdroids

Padderne jagtes af Shredders håndlangere: Bebop og Rocksteady

Leo stoler ikke på Slash, da han dukker op for at lede et hold kaldet de mægtige mutantbæster

De mægtige mutantbæster angriber TCRI. Padderne redder befolkningen i NYC i Dimension X

Casey kommer i problemer, da han tror, at han kan tage kampen op mod den kriminelle underverden alene

En ny mutant kaldet Muckman bliver berygtet som New Yorks 'monsterhelt'

Shredder og hans tilhængere bortfører De Mægtige Mutantbæster af eksperimentelle årsager

Michelangelo og Casey bliver venner med Mondo Gecko, som er en skateboard-øgle-dreng

Da Karai bliver hjernevasket i Stockmans laboratorium, begynder hun at jagte padderne