Casey og Donnies bånd på grund af biler udfordres af en mutant, der terroriserer vejene.

April og Leonardo skal redde resten af holdet fra en ny mutant.

Leonardo tager padderne med for at træne i et avanceret ninjaritual for at blive ægte ninjaer.

Padderne vender tilbage til byen for at søge efter Splinter, men finder den overrendt af Kraang'er.

Padderne Zech og Steranko søger efter Karai i en by fuld af Kraangdroids .

Padderne jagtes af Shredders håndlangere: Bebop og Rocksteady.

Leo stoler ikke på Slash, da han dukker op for at lede et hold kaldet de mægtige mutantbæster.

De mægtige mutantbæster angriber TCRI. Padderne redder befolkningen i NYC i Dimension X.

Casey kommer i problemer, da han tror, at han kan tage kampen op mod den kriminelle underverden alene.

En ny mutant kaldet Muckman bliver berygtet som New Yorks 'monsterhelt'.

Shredder og hans tilhængere bortfører De Mægtige Mutantbæster af eksperimentelle årsager.

Michelangelo og Casey bliver venner med Mondo Gecko, som er en skateboard-øgle-dreng.

Da Karai bliver hjernevasket i Stockmans laboratorium, begynder hun at jagte padderne.

Da de bliver gennet gennem tiden, skal padderne besejre tidsmesteren Savanti Romero.

Da de vender tilbage til fortiden, krydser padderne stier med en velkendt ninjaklan.