Leonardo tager padderne med for at træne i et avanceret ninjaritual for at blive ægte ninjaer

Padderne vender tilbage til byen for at søge efter Splinter, men finder den overrendt af Kraang'er

Padderne Zech og Steranko søger efter Karai i en by fuld af Kraangdroids

Padderne jagtes af Shredders håndlangere: Bebop og Rocksteady

Leo stoler ikke på Slash, da han dukker op for at lede et hold kaldet de mægtige mutantbæster

De mægtige mutantbæster angriber TCRI. Padderne redder befolkningen i NYC i Dimension X

Casey kommer i problemer, da han tror, at han kan tage kampen op mod den kriminelle underverden alene

En ny mutant kaldet Muckman bliver berygtet som New Yorks 'monsterhelt'

Shredder og hans tilhængere bortfører De Mægtige Mutantbæster af eksperimentelle årsager

Michelangelo og Casey bliver venner med Mondo Gecko, som er en skateboard-øgle-dreng

Da Karai bliver hjernevasket i Stockmans laboratorium, begynder hun at jagte padderne

Da de bliver gennet gennem tiden, skal padderne besejre tidsmesteren Savanti Romero

Da de vender tilbage til fortiden, krydser padderne stier med en velkendt ninjaklan

Leonardo sniger sig alene ind i Shredders tilholdssted og står over for sin hidtil største mutanttrussel

Efter at han har været ude for en ulykke, mister Donatello langsomt sin intelligens.