Casey og Donnies bånd på grund af biler udfordres af en mutant, der terroriserer vejene.

Sæson 1

Sæson 2

Leo og Donnie er uenige om, hvordan man stopper Kraang-invasionen.

Holdet må se i øjnene, at Leonardo måske ikke får det bedre. En ny mutant fanger Raphael.

Donatello bliver venner med Bigfoot i skoven og insisterer på, at de beskytter den imod den person, der jagter den.

Holdet opdager et begravet Kraang-rumskib, og Aprils mor er ikke, hvad hun ser ud til.

Da Michelangelo bliver venner med en mutantfrø, lærer han, at dens familie planlægger at angribe mennesker.

April og Casey skal vække padderne fra væsner, der fanger dem inde i deres egne drømme.

April og Leonardo skal redde resten af holdet fra en ny mutant.

Leonardo tager padderne med for at træne i et avanceret ninjaritual for at blive ægte ninjaer.

Padderne vender tilbage til byen for at søge efter Splinter, men finder den overrendt af Kraang'er.

Padderne Zech og Steranko søger efter Karai i en by fuld af Kraangdroids .

Padderne jagtes af Shredders håndlangere: Bebop og Rocksteady.

Leo stoler ikke på Slash, da han dukker op for at lede et hold kaldet de mægtige mutantbæster.

De mægtige mutantbæster angriber TCRI. Padderne redder befolkningen i NYC i Dimension X.