Padderne Zech og Steranko søger efter Karai i en by fuld af Kraangdroids .

Padderne jagtes af Shredders håndlangere: Bebop og Rocksteady.

Leo stoler ikke på Slash, da han dukker op for at lede et hold kaldet de mægtige mutantbæster.

De mægtige mutantbæster angriber TCRI. Padderne redder befolkningen i NYC i Dimension X.

Casey kommer i problemer, da han tror, at han kan tage kampen op mod den kriminelle underverden alene.

En ny mutant kaldet Muckman bliver berygtet som New Yorks 'monsterhelt'.

Shredder og hans tilhængere bortfører De Mægtige Mutantbæster af eksperimentelle årsager.

Michelangelo og Casey bliver venner med Mondo Gecko, som er en skateboard-øgle-dreng.

Da Karai bliver hjernevasket i Stockmans laboratorium, begynder hun at jagte padderne.

Da de bliver gennet gennem tiden, skal padderne besejre tidsmesteren Savanti Romero.

Da de vender tilbage til fortiden, krydser padderne stier med en velkendt ninjaklan.

Leonardo sniger sig alene ind i Shredders tilholdssted og står over for sin hidtil største mutanttrussel.

Efter at han har været ude for en ulykke, mister Donatello langsomt sin intelligens.

Splinter skal redde padderne, da de lokkes i dødbringende fælder af en ukendt fjende.

Raphael bliver venner med Zog, en rum-triceraton, og de kæmper mod Kraang'erne sammen.