Et muteret egern begynder at formere sig. Padderne skal forhindre mutanterne i at slippe løs

Donatello eksperimenterer med mutagen, men bringer April i fare med Mutagenmanden

Michelangelo fjoller rundt med mutagen, der giver ham en farlig infektion

Karai begynder at jagte April, som indser, at hun måske har bragt sin nye ven Casey i fare

Padderne bliver jagtet af en mutantskildpadde ved navn Slash, der har en vendetta mod brødrene

April tager med padderne på en mission, hvor de lærer en chokerende hemmelighed om hendes fortid

Da Casey møder Raphael, må de to lægge deres konflikt til side for at bekæmpe fælles fjender

En svampemutant får padderne og April til at opleve deres værste frygt

Da Donnie opgraderer Stålfjæs' intelligens, testes hans tillid til robotten

Da The Rat King vender tilbage, må Splinter overvinde sin frygt for, at han får kontrol over hans hjerne

Leonardo står over for Shredders nye kriger. Donnie må lægge sin rivalisering med Casey til side

Leonardo står over for Shredders nye kriger. Donnie må lægge sin rivalisering med Casey til side

Padderne prøver at spille et fantasy-rollespil, men spillet bliver til virkelighed

Padderne perfektionerer et mutagen for at hjælpe Aprils far. Stockman truer med at mutere April

Raphael og Casey møder Slash og opdager, at han har sin egen partner - Newtralizer