Raphael og Casey møder Slash og opdager, at han har sin egen partner - Newtralizer.

Sæson 1

Sæson 2

En svampemutant får padderne og April til at opleve deres værste frygt.

Da Donnie opgraderer Stålfjæs' intelligens, testes hans tillid til robotten.

Da The Rat King vender tilbage, må Splinter overvinde sin frygt for, at han får kontrol over hans hjerne.

Leonardo står over for Shredders nye kriger. Donnie må lægge sin rivalisering med Casey til side.

Padderne prøver at spille et fantasy-rollespil, men spillet bliver til virkelighed.

Padderne perfektionerer et mutagen for at hjælpe Aprils far. Stockman truer med at mutere April.

Tiger Claw har til hensigt at udslette padderne. Karai finder ud af sandheden om sine forældre.

Mikey opdager en mutant, der angriber folk ved brug af levende pizzaer, men ingen tror på ham.

Leo forsøger at overbevise de andre om at redde Karai. En mestertyv stjæler Shredders hjelm.

Raph kommer i problemer, da han beskadiger en maskine, der får ham til at skifte sind med en Kraang.

Leo redder Karai, hvis ønske om hævn over Shredder medfører alvorlige konsekvenser.

Donnie er jaloux på April og Caseys forhold. April bliver kidnappet af en ond ånd.

Da padderne tager til Dimension X, er det kun Michelangelo, der kan finde ud af, hvordan man klarer sig på stedet.