Shredder skaber en hær af mutanter, så padderne er afhængige af hjælp fra Pulverizer.

Michelangelo må kæmpe mod sine brødre, da de bliver hjernevasket af en parasithveps.

Donatello bryder ind på et hemmeligt Kraang-forvaringscenter for at redde Kirby O'Neil.

Skildpadderne angriber TCRI for at lukke en rumportal, hvilket er deres hidtil sværeste kamp.

Skildpadderne angriber TCRI for at lukke en rumportal, hvilket er deres hidtil sværeste kamp.

Shredder samarbejder med Kraang'erne for at modtage et batch mutagen.

Padderne står over for robotfodsoldater. Leonardo kæmper mod ninjaer, der tilpasser sig alle hans bevægelser.

Et muteret egern begynder at formere sig. Padderne skal forhindre mutanterne i at slippe løs.

Donatello eksperimenterer med mutagen, men bringer April i fare med Mutagenmanden.

Michelangelo fjoller rundt med mutagen, der giver ham en farlig infektion.

Karai begynder at jagte April, som indser, at hun måske har bragt sin nye ven Casey i fare.

Padderne bliver jagtet af en mutantskildpadde ved navn Slash, der har en vendetta mod brødrene.

April tager med padderne på en mission, hvor de lærer en chokerende hemmelighed om hendes fortid.

Da Casey møder Raphael, må de to lægge deres konflikt til side for at bekæmpe fælles fjender.

En svampemutant får padderne og April til at opleve deres værste frygt.