Padderne bliver jagtet af en mutantskildpadde ved navn Slash, der har en vendetta mod brødrene.

Sæson 1

Sæson 2

Skildpadderne angriber TCRI for at lukke en rumportal, hvilket er deres hidtil sværeste kamp.

Shredder samarbejder med Kraang'erne for at modtage et batch mutagen.

Padderne står over for robotfodsoldater. Leonardo kæmper mod ninjaer, der tilpasser sig alle hans bevægelser.

Et muteret egern begynder at formere sig. Padderne skal forhindre mutanterne i at slippe løs.

Donatello eksperimenterer med mutagen, men bringer April i fare med Mutagenmanden.

Michelangelo fjoller rundt med mutagen, der giver ham en farlig infektion.

Karai begynder at jagte April, som indser, at hun måske har bragt sin nye ven Casey i fare.

April tager med padderne på en mission, hvor de lærer en chokerende hemmelighed om hendes fortid.

Da Casey møder Raphael, må de to lægge deres konflikt til side for at bekæmpe fælles fjender.

En svampemutant får padderne og April til at opleve deres værste frygt.

Da Donnie opgraderer Stålfjæs' intelligens, testes hans tillid til robotten.

Da The Rat King vender tilbage, må Splinter overvinde sin frygt for, at han får kontrol over hans hjerne.

Leonardo står over for Shredders nye kriger. Donnie må lægge sin rivalisering med Casey til side.