Shredder og hans tilhængere bortfører De Mægtige Mutantbæster af eksperimentelle årsager.

Michelangelo og Casey bliver venner med Mondo Gecko, som er en skateboard-øgle-dreng.

Da Karai bliver hjernevasket i Stockmans laboratorium, begynder hun at jagte padderne.

Da de bliver gennet gennem tiden, skal padderne besejre tidsmesteren Savanti Romero.

Da de vender tilbage til fortiden, krydser padderne stier med en velkendt ninjaklan.

Leonardo sniger sig alene ind i Shredders tilholdssted og står over for sin hidtil største mutanttrussel.

Efter at han har været ude for en ulykke, mister Donatello langsomt sin intelligens.

Splinter skal redde padderne, da de lokkes i dødbringende fælder af en ukendt fjende.

Raphael bliver venner med Zog, en rum-triceraton, og de kæmper mod Kraang'erne sammen.

Padderne hører om Kraang'ernes tilbagevenden. De indser, at en større trussel er på vej mod Jorden.

Padderne hører om Kraang'ernes tilbagevenden. De indser, at en større trussel er på vej mod Jorden.

Holdet møder den mærkelige rumrobot flugtobotten, der tager dem ud i rummet.

Da holdet styrter ned på en måne med en fjende, skal de lægge deres forskelle til side.

Da Casey opdager en hyperkube, slipper han et firedimensionelt væsen løs: Wyrm.

Padderne flygter til en forladt rumstation, da en dusørjæger forsøger at ødelægge dem.