Shredder og hans tilhængere bortfører De Mægtige Mutantbæster af eksperimentelle årsager

Michelangelo og Casey bliver venner med Mondo Gecko, som er en skateboard-øgle-dreng

Da Karai bliver hjernevasket i Stockmans laboratorium, begynder hun at jagte padderne

Da de bliver gennet gennem tiden, skal padderne besejre tidsmesteren Savanti Romero

Da de vender tilbage til fortiden, krydser padderne stier med en velkendt ninjaklan

Leonardo sniger sig alene ind i Shredders tilholdssted og står over for sin hidtil største mutanttrussel

Efter at han har været ude for en ulykke, mister Donatello langsomt sin intelligens.

Splinter skal redde padderne, da de lokkes i dødbringende fælder af en ukendt fjende

Raphael bliver venner med Zog, en rum-triceraton, og de kæmper mod Kraang'erne sammen

Padderne hører om Kraang'ernes tilbagevenden. De indser, at en større trussel er på vej mod Jorden

Padderne hører om Kraang'ernes tilbagevenden. De indser, at en større trussel er på vej mod Jorden

Holdet møder den mærkelige rumrobot flugtobotten, der tager dem ud i rummet

Da holdet styrter ned på en måne med en fjende, skal de lægge deres forskelle til side

Da Casey opdager en hyperkube, slipper han et firedimensionelt væsen løs: Wyrm

Padderne flygter til en forladt rumstation, da en dusørjæger forsøger at ødelægge dem