Padderne tror, at alle deres gamle fjender er besejret, men en ny ondskab er på fremmarch.

Karai møder en gammel rival, mens han leder efter Kuro Kabuto.

Donatellos udestående med Don Vizioso truer paddernes mission.

Padderne må besejre Kavaxas og forhindre ham i at udslette verden.

Da Splinter først muterer, lærer han at overleve og beskytte fire mutantskildpaddeunger.

Paddernes planer om at nyde halloween afbrydes, da monstre truer byen.

Renet transporterer holdet til Transsylvanien for at stoppe Savanti Romero.

Savanti planlægger at rekruttere Frankensteins monster og slipper sin hær løs i det 21. århundrede.

Padderne vender tilbage til en verden styret af monstre og indser, at de har gjort tingene værre.

Mona Lisa ankommer til Jorden, men Raphs iver efter at hjælpe hende kan få holdet i problemer.

Raph skal få Mona Lisa og Bishop til at arbejde sammen for at besejre en trussel fra rummet.

80'ernes Shredder og Krang dukker op i denne dimension og hyrer Bebop og Rocksteady.

Padderne træner deres modstykker fra 80'erne til at stå over for den største trussel, de nogensinde er stødt på.

Padderne får hjælp af de mægtige mutantbæster for at stoppe Bebop og Rocksteady.

Padderne transporteres til en alternativ dimension, hvor de møder en kaninsamurai.