Trusler fra de lilla drager og mouserne tvinger padderne til at opdele sig i to grupper.

Michelangelo bliver venner med en uligevægtig mutantalligator, der er i besiddelse af Kraang-teknologi.

Raphael lader Leonardo lede holdet. Leo møder en smuk og farlig kvindelig ninja.

Padderne står ansigt til ansigt med The Rat King, der truer med at overtage byen.

Padderne oplever high school, da Aprils skoleprojekt tiltrækker Kraang'ernes opmærksomhed.

Padderne møder en wannabe-helt, der beslutter at bekæmpe kriminalitet og klæde sig ud som Pulverizer.

Da de bryder ind i TCRI-hovedkvarteret, opdager padderne Kraang'ernes sande mission.

Da padderne forpurrer en Kraang-invasionsplan, bliver de forfulgt af en kæmpe kakerlak.

Baxter Stockman forsøger at lokke Fishface, Dogpound og padderne ind i en dødbringende labyrint.

Karai indser alvoren af Kraang'ernes trussel og beder padderne om at skabe en alliance.

Padderne infiltrerer en undersøisk Kraang-base, og Fodklanen forsøger at fange April.

Shredder skaber en hær af mutanter, så padderne er afhængige af hjælp fra Pulverizer.

Michelangelo må kæmpe mod sine brødre, da de bliver hjernevasket af en parasithveps.

Donatello bryder ind på et hemmeligt Kraang-forvaringscenter for at redde Kirby O'Neil.

Skildpadderne angriber TCRI for at lukke en rumportal, hvilket er deres hidtil sværeste kamp.