Holdet møder den mærkelige rumrobot flugtobotten, der tager dem ud i rummet

Da holdet styrter ned på en måne med en fjende, skal de lægge deres forskelle til side

Da Casey opdager en hyperkube, slipper han et firedimensionelt væsen løs: Wyrm

Padderne flygter til en forladt rumstation, da en dusørjæger forsøger at ødelægge dem

Padderne havner på den onde planet Xaava-Dal

Da rumvæsener invaderer Mikeys hjerne, skal padderne jage dem gennem hans underbevidsthed

Padderne fanges og kastes ind i den triceratonske arena

Padderne vinder Utrom-rådets tillid for at finde en del af sorthulgeneratoren

Padderne skal finde det andet generatorstykke i en oceanlignende del af rummet

Padderne møder deres 1980'er-modstykker i en anden dimension

Donatello føler sig underlegen over for flugtobotten. Hans intellekt sættes på prøve, da Triceratonerne angriber

Da han mister sin kampmojo, må Raphael overvinde sine følelser for at redde sine brødre

Brødrene overvinder flere forhindringer for at hente det sidste generatorstykke i det sorte hul

Da holdet endelig når Jorden, afslører flugtobotten en forfærdelig hemmelighed om sin fortid

April består som konoichi og står over for en ny fjende, mens skildpadderne kæmper mod gamle fjender.