Archer og Hoshi henvender sig til Xindi-rådet. T'Pol leder et hold ind i Spheres midte

Enterprise-besætningen forsøger at stoppe armeringen af supervåbnet, som er rettet mod Jorden

Archer risikerer sit liv i en farlig manøvre for at opfange Xindi-supervåbnet

Archer og NX-01 befinder sig på en alternativ tidslinje i Jordens fortid under 2. Verdenskrig

Med Siliks hjælp jager Archer den tidsagent, der ændrede Jordens fortid

Den trætte NX-01-besætning mærker konsekvenserne af deres rejser - både gode og dårlige

Archer jagter genetisk optimerede mennesker, kaldet Augments, der er ansvarlige for et Klingon-angreb

Soong og augmenterne rejser til Cold Station 12, hvor hundredvis af fostre opbevares

Imod deres skabers vilje udtænker augmenterne et afskyeligt plot mod klingonerne.

Archer og T'Pol undersøger en religiøs Vulcan-gruppe, der gemmer sig i en farlig ørken

Archer og T'Poi møder den radikale Syrranit-gruppe, der holder sig skjult i Vulcan-ørkenen

Archer, T'Pol og T'Pau prøver at bringe en historisk artefakt til Vulcan High Command

Opfinder af transporteren, Emory Erickson, går ombord på Enterprise for at udføre et risikabelt eksperiment.

Ikke-fysiske væsner studerer Enterprise-besætningen, da de reagerer på en dødelig virusinfektion

Enterprise transporterer en Tellarit-ambassadør til planeten Babel for at holde fredstaler