Med Siliks hjælp jager Archer den tidsagent, der ændrede Jordens fortid

Den trætte NX-01-besætning mærker konsekvenserne af deres rejser - både gode og dårlige

Archer jagter genetisk optimerede mennesker, kaldet Augments, der er ansvarlige for et Klingon-angreb

Soong og augmenterne rejser til Cold Station 12, hvor hundredvis af fostre opbevares

Imod deres skabers vilje udtænker augmenterne et afskyeligt plot mod klingonerne.

Archer og T'Pol undersøger en religiøs Vulcan-gruppe, der gemmer sig i en farlig ørken

Archer og T'Poi møder den radikale Syrranit-gruppe, der holder sig skjult i Vulcan-ørkenen

Archer, T'Pol og T'Pau prøver at bringe en historisk artefakt til Vulcan High Command

Opfinder af transporteren, Emory Erickson, går ombord på Enterprise for at udføre et risikabelt eksperiment.

Ikke-fysiske væsner studerer Enterprise-besætningen, da de reagerer på en dødelig virusinfektion

Enterprise transporterer en Tellarit-ambassadør til planeten Babel for at holde fredstaler

Archer forsøger at forene andorianere, tellaritter og vulcanere i bestræbelserne på at fange et marauderskib

Archer besøger Shrans iskolde hjemverden for at finde en andoriansk underart kaldet Aenar

Phlox bliver kidnappet og tvunget til at hjælpe med at håndtere en trussel mod Klingon-racens overlevelse.

Med Columbias hjælp kæmper Enterprise-besætningen med sabotage på deres skib. Samtidig efterforsker de Phlox' kidnapning.