Ninja Turtles opdager, at overfladeverdenen ikke er så enkel, som den først ser ud til.

Da de bliver fanget på video, skal padderne forhindre, at deres eksistens afsløres.

Michelangelo bliver venner med den berømte kampsportsudøver Chris Bradford, som er Shredders hemmelige løjtnant.

Padderne kæmper mod Baxter Stockman, som er en sindsforvirret opfinder iført en mekanisk kamprustning.

Donatello bygger en fjernstyret robotpadde til at kæmpe i hans sted.

Donatello og April undersøger en videnskabsmands forsvinden og finder en synsk abe.

Leo frygter, at hans medlidenhedshandling hjemsøger ham, da Xever holder en nudelbutiksejer som gidsel.

Da April modtager en meddelelse fra sin far, må hun og padderne redde ham.

Padderne forsvarer deres hjem, da Bradford forsøger at ødelægge det med et farligt kemikalie.

Trusler fra de lilla drager og mouserne tvinger padderne til at opdele sig i to grupper.

Michelangelo bliver venner med en uligevægtig mutantalligator, der er i besiddelse af Kraang-teknologi.

Raphael lader Leonardo lede holdet. Leo møder en smuk og farlig kvindelig ninja.

Padderne står ansigt til ansigt med The Rat King, der truer med at overtage byen.

Padderne oplever high school, da Aprils skoleprojekt tiltrækker Kraang'ernes opmærksomhed.

Padderne møder en wannabe-helt, der beslutter at bekæmpe kriminalitet og klæde sig ud som Pulverizer.