Padderne træner deres modstykker fra 80'erne til at stå over for den største trussel, de nogensinde er stødt på.

Padderne får hjælp af de mægtige mutantbæster for at stoppe Bebop og Rocksteady.

Padderne transporteres til en alternativ dimension, hvor de møder en kaninsamurai.

Usagi fører padderne ind i en hjemsøgt skov fuld af drilske og farlige ånder.

Usagi og padderne nærmer sig deres bestemmelsessted og skal hjælpe Kintaro med at fuldbyrde sin skæbne.

En ældre og vejrbidt Raphael kæmper mod vejbander i en postapokalyptisk mutant-ødemark.

Holdet kører gennem ørken-ødemarken på jagt efter en eneboer, der kan hjælpe dem med at finde en sagnomspunden oase.

Raph må bekæmpe lederne af vejkrigerklanerne, inden de tager kampen op mod deres hidtil største fjende.