Phlox bliver kidnappet og tvunget til at hjælpe med at håndtere en trussel mod Klingon-racens overlevelse.

Med Columbias hjælp kæmper Enterprise-besætningen med sabotage på deres skib. Samtidig efterforsker de Phlox' kidnapning.

Archer "får" tre slavekvinder som tak for at have forhandlet med Orion-syndikatet

I spejluniverset gør kommandør Archer mytteri mod kaptajn Forrest.

I et spejlunivers beslaglægger Archer et tholiansk rumskib fra det 23. århundrede

En xenofobisk menneskegruppe truer med at underminere planer om en planetær koalition

Terra Prime-lederen truer med at ødelægge Stjerneflådens hovedkvarter, medmindre alle rumvæsner forlader Jorden.

Seks år senere vender Archer og besætningen tilbage til Jorden for at dekommisionere Enterprise