Archer forsøger at forene andorianere, tellaritter og vulcanere i bestræbelserne på at fange et marauderskib

Archer besøger Shrans iskolde hjemverden for at finde en andoriansk underart kaldet Aenar

Phlox bliver kidnappet og tvunget til at hjælpe med at håndtere en trussel mod Klingon-racens overlevelse.

Med Columbias hjælp kæmper Enterprise-besætningen med sabotage på deres skib. Samtidig efterforsker de Phlox' kidnapning.

Archer "får" tre slavekvinder som tak for at have forhandlet med Orion-syndikatet

I spejluniverset gør kommandør Archer mytteri mod kaptajn Forrest.

I et spejlunivers beslaglægger Archer et tholiansk rumskib fra det 23. århundrede

En xenofobisk menneskegruppe truer med at underminere planer om en planetær koalition

Terra Prime-lederen truer med at ødelægge Stjerneflådens hovedkvarter, medmindre alle rumvæsner forlader Jorden.

Seks år senere vender Archer og besætningen tilbage til Jorden for at dekommisionere Enterprise