Darwyn kæmper for at opretholde sin dækidentitet, da han får kommandoen over en ny sovende celle i Los Angeles. Samtidig tvivler han på sin nye spionfører
Den eksplosive serie Sleeper Cell fører seerne bag sløret hos en sovende terrorcelle og viser de chokerende udfordringer, som en agent støder på, da han skal afsløre dens mørke og forskruede planer.