Bertramsen og frøken Brahe har været oppe hele natten. De har opdaget, at julen er forsvundet fra alle bøger og dokumenter - som om julen ikke eksisterer mere.

Julen er langsomt ved at forsvinde. Nisserne fortsætter derfor jagten på jul og rejser denne gang til bronzealderen, hvor de møder en stor, behåret viking.

Nisserne prøver at finde ud af, om Freja er en gudinde. De rejser til Midgård, hvor de møder jætten Heimdal og den ægte gudinde Freja, som tager dem til fange.

Alle har travlt i jagten på julen. Pyrus finder dog tid til at imponere Freja og tryller en grum viking frem, som frøken Brahe støder ind i mellem reolerne.

Nisserne skyder dokumenter på plads med en katapult. Ved en fejl bliver Pyrus skudt ind i kontoret, og Freja må få Bertramsen til at hjælpe med at finde ham.

Julen vender så småt tilbage, og Pyrus finder sin hyperkodyle hue i Bertramsens kontor. De tre nisser rejser til år 1157, hvor de møder historieskriveren Saxo.

Kong Valdemar flirter med Freja, og det gør Pyrus jaloux. Bertramsen får et brev fra kongehuset. Da nisserne tryller kongen tilbage, dukker en ny Valdemar op.

Rigsarkivet får til Bertramsens store skræk en computer. Imens besøger nisserne enkedronning Margrethe Sprænghest på Vordingborg og hendes søn, Erik Klipping.

Da Pyrus opdager, at der står en computer på kontoret, lokker han Freja med ind bag skærmen. Freja forsvinder, og trolden Hugo må hjælpe med at finde hende.

Guttenborg tager Pyrus med tilbage til Vordingborg, hvor de oplever et smukt luciaoptog. Samtidig mister Guttenborg sin tryllebog, som frøken Brahe finder.

Guttenborg sporer sig ind på, hvor Freja kommer fra. Samtidig besøger han og Pyrus Christian I, hvor de støder ind i en person klædt ud som julemanden.

Bertramsen overrasker frøken Brahe forklædt som julemanden. Pyrus og Guttenborg tager en syg Freja med på besøg hos Christian den II, som serverer julemaj-te.

Det er rengøringsdag i Rigsarkivet, og frøken Brahe får Bertramsen lidt i form. Nisserne gør også rent, inden de tager til Uranienborg og besøger Tycho Brahe.

Christian IV lægger vejen forbi nissebo med klap for øjet og en lille mandelgave. Samtidig opdager frøken Brahe ved et uheld Bertramsens store hemmelighed.

Guttenborg bliver bekymret, da Christian IV annoncerer, at han vil rundt i København og se sine bygninger. Men kan nisserne narre ham til at blive i nissebo?