Nisserne skyder dokumenter på plads med en katapult. Ved en fejl bliver Pyrus skudt ind i kontoret, og Freja må få Bertramsen til at hjælpe med at finde ham.

Julen vender så småt tilbage, og Pyrus finder sin hyperkodyle hue i Bertramsens kontor. De tre nisser rejser til år 1157, hvor de møder historieskriveren Saxo.

Kong Valdemar flirter med Freja, og det gør Pyrus jaloux. Bertramsen får et brev fra kongehuset. Da nisserne tryller kongen tilbage, dukker en ny Valdemar op.

Rigsarkivet får til Bertramsens store skræk en computer. Imens besøger nisserne enkedronning Margrethe Sprænghest på Vordingborg og hendes søn, Erik Klipping.

Da Pyrus opdager, at der står en computer på kontoret, lokker han Freja med ind bag skærmen. Freja forsvinder, og trolden Hugo må hjælpe med at finde hende.

Guttenborg tager Pyrus med tilbage til Vordingborg, hvor de oplever et smukt luciaoptog. Samtidig mister Guttenborg sin tryllebog, som frøken Brahe finder.

Guttenborg sporer sig ind på, hvor Freja kommer fra. Samtidig besøger han og Pyrus Christian I, hvor de støder ind i en person klædt ud som julemanden.

Bertramsen overrasker frøken Brahe forklædt som julemanden. Pyrus og Guttenborg tager en syg Freja med på besøg hos Christian den II, som serverer julemaj-te.

Det er rengøringsdag i Rigsarkivet, og frøken Brahe får Bertramsen lidt i form. Nisserne gør også rent, inden de tager til Uranienborg og besøger Tycho Brahe.

Christian IV lægger vejen forbi nissebo med klap for øjet og en lille mandelgave. Samtidig opdager frøken Brahe ved et uheld Bertramsens store hemmelighed.

Guttenborg bliver bekymret, da Christian IV annoncerer, at han vil rundt i København og se sine bygninger. Men kan nisserne narre ham til at blive i nissebo?

Pyrus spreder hygge i nissebo, og det får Guttenborg til at tænke på forfatter Ludvig Holberg, som kan fortælle dem mere om juletræet og misteltenen.

Julen er næsten på plads. Men Freja er trist. Hun ved stadig ikke, hvor hun kommer fra, så for at muntre hende op besøger nisserne selveste H.C. Andersen.

Med kun tre dage til juleaften har Bertramsen travlt med et genstridigt juletræ. I nissebo får de uventet besøg af grevinde Danner efterfulgt af Frederik VII.

Mens Freja går i søvne, fortæller hun, hvem hun er. Bertramsen får en særlig invitation. Imens får de alle sammen travlt med at lære om skik og brug i julen.