Enterprise-besætningen søger efter gerningsmændene til et ødelæggende angreb på Jorden

Kaptajn Archer og hans besætning sætter sig for at få oplysninger om det mystiske Xindi-folk

Enterprise begynder at opleve effekterne af rumforvrængning i Delphic Expanse

Archer, Reed og Hoshi bliver ofre for en virus, der muterer dem til en primal livsform.

Spændinger mellem NX-01 og Xindi eskalerer, da Archer tager imod en mystisk passager

Kaptajn Archer og hans besætning bliver angrebet af ustabile zombielignende vulcanere

En kraftfuld telepat kontakter Hoshi og tilbyder at hjælpe Enterprise med at finde Xindi-folket

Archer, Reed og Hayes infiltrerer et Xindi-laboratorium, der skjuler dødbringende våben

En rumforvrængning gør det umuligt for Archer at danne nye langtidsminder.

Archer drager ud for at lære mere om en koloni af mennesker, som lever en 1900-tals, vestlig livsstil

Trip bliver alvorligt såret, og hans eneste håb om at overleve, er en transplantation fra en klon

Archer og T'Pol rejser tilbage i tiden til Detroit i USA for at stoppe et Xindi-plot

Religiøse fanatikere kaprer Enterprise for at bruge det som et våben mod fjender af deres tro

Kommandør Shran leder et andorisk rumskib ind i Delphic Expanse for at hjælpe Enterprise

Archer møder Degra, designeren af Xindi-supervåbnet, og forsøger at få dets placering