Besætningen finder et lille rumskib, der driver rundt i rummet med noget, der lader til at være et menneskelig

Archer og Tucker bliver fejlagtigt arresteret og placeret på et fangetransportskib

Enterprise sluges af et overjordisk fartøj besat af ikke-legemlige væsner

I en Klingon-domstol anklages Archer for at konspirere mod Klingon-imperiet

Mayweather benytter lejligheden til at besøge fragtskibet, hvor han er født og opvokset

Enterprise-besætningen har til opgave at evakuere en gruppe denobulanske geologer

Enterprise møder en race kaldet vissianerne, der har et tredje køn af "forfædre"

Et arktisk forskerhold opdager vragrester fra et fremmed fartøj begravet i en gletsjer

Archer finder ud af, at hans gamle rival i de tidlige dage af NX-testprogrammet er død

En tellaritisk dusørjæger fanger Archer og har til hensigt at overgive ham til klingonerne

Enterprise-besætningen søger efter gerningsmændene til et ødelæggende angreb på Jorden

Kaptajn Archer og hans besætning sætter sig for at få oplysninger om det mystiske Xindi-folk

Enterprise begynder at opleve effekterne af rumforvrængning i Delphic Expanse.

Archer, Reed og Hoshi bliver ofre for en virus, der muterer dem til en primal livsform.

Spændinger mellem NX-01 og Xindi eskalerer, da Archer tager imod en mystisk passager